索引したい（makeindex）

$ lualatex ファイル名.tex
$ makeindex ファイル名.idx

makeindexコマンドで索引をタイプセットできます。 索引ありのLaTeXファイルをコンパイルすると、索引ファイル（.idx）が生成されます。 この.idxファイルを使って、索引を生成します。

自動処理したい（$makeindex=1）

$makeindex = 1;

latexmkrcに$makeindex=1と書いておくと、 索引ファイル（.idx）が存在する場合にmakeindexを自動実行します。

カスタマイズしたい

$makeindex = "makeindex -s スタイル.ist";
$makeindex = "splitindex";
$makeindex = "xindy -L japanese -C utf8 -M スタイル.xdy";

$makeindexのコマンドをカスタマイズできます。 makeindexをオプション付きで実行したり、 splitindexやxindyなどのコマンドを実行したりできます。