結合したい（latexpand）

$ latexpand --version
latexpand version v1.7.2.

$ latexpand [オプション] ファイル.tex > expanded.tex
$ latexpand --keep-comments ファイル.tex > expanded.tex

// 結合したファイルをPDFに出力
$ latexmk expanded.tex

latexpandで、\include{}や\input{}などした内容を ひとつのファイルに結合し、コメントを削除できます。 --keep-commentsオプションでコメントを残せます。