ファイルを削除したい（git rm）

$ git rm ファイル名
$ git rm -r ディレクトリ名

Git管理しているファイルを削除する場合はgit rmします。 ファイル／ディレクトリは削除されると同時にステージされます。

ファイルを完全に削除したい（git filter-repo）

$ brew install git-filter-repo

git filter-branchは公式でも非推奨なようなので、git-filter-repoを追加でインストールします。 手順はGitから機微なデータの削除 - GitHubを参照してください。